Siga os passos:
Para eliminar funcionário acesse Movimentação->Rotinas Mensais->Datas de Pagamento->Funcionários->Manutenção->Coloque o Código Inicial e Final do Funcionário->Avança-> veja tudo o que foi gerado para ele, entre na referência do ano e mês que aparecer em datas de pagamento e exclua o que foi gerado, lá em datas de pagamento informará o que foi gerado na aba modo (ex: M – mensal, F- férias, R- rescisão, AD – adiantamento):
2º Acesse também Manutenção->Funcionários->Atualização de Carteira->Manutenção->Coloque o Código Inicial e Final do Funcionário->Avance (poderá jogar na lixeira todos os dados informados aqui):
3º Depois de eliminar os movimentos para os determinados funcionários, acesse Manutenção->Funcionários->Manutenção de Funcionários->Manutenção->Avança e selecione o funcionário e clique na Lixeira: